23 июля 2009 года в Кыргызстане были проведены президентские выборы. Действующий президент Курманбек Бакиев получил около 90 % голосов избирателей при явке в 80 %. Наблюдатели снова подвергли сомнению справедливость этих выборов. 2 августа 2009 года прошла инаугурация, на которой Бакиев вступил в должность президента Киргизии на второй срок — 2009—2014 г.
В 2010 году произошли массовые выступления оппозиции с требованиями отставки Бакиева. Столкновения оппозиционеров с полицией 7 апреля 2010 года переросли в вооружённую революцию, в ходе которой сторонники оппозиции захватили столицу Бишкек и основные административные здания. Бакиев бежал из столицы в Джалал-Абадскую область.
8 апреля Бакиев выступил с обращением. Он отказался уходить в отставку, хотя и признал, что не контролирует положения в стране. Он заявил о заинтересованности внешних сил в дестабилизации обстановки в Киргизии, однако не указал конкретно, какую страну он имел в виду. Он призвал ввести в Киргизию миротворцев ООН. Бакиев заявил, что он рассматривает вопрос о переносе столицы Кыргызстана из Бишкека в один из городов юга страны, где он пользуется поддержкой со стороны членов своей семьи (Джалал-Абад или Ош).
В ответ временное правительство, сформированное оппозицией, пригрозило привлечь Бакиева к уголовной ответственности за злоупотребления в период его нахождения у власти. Позже временное правительство сняло с Бакиева неприкосновенность и пригрозило послать спецназ задержать его. Руководитель Аппарата главы временного правительства Киргизии Эдиль Байсалов заявил, что Курманбек Бакиев как президент обладает иммунитетом и неприкосновенностью, однако некоторым членам его семьи придется ответить по закону за ряд серьёзных преступлений. Байсалов также отметил, что всем известно, где находится Бакиев и его семья, — санкция на арест братьев уже выдана, «но силу пока никто не применяет, чтобы избежать новых жертв».
13 апреля Курманбек Бакиев заявил, что уйдёт в отставку, если временное правительство обеспечит безопасность ему и его семье. Он пригласил главу Временного правительства Розу Отунбаеву на переговоры в Джалал-Абад и со своей стороны, пообещал ей безопасность.
15 апреля в Джалал-Абаде прошли переговоры между лидерами оппозиции и Бакиевым. Под давлением оппозиции Бакиев согласился подписать прошение об отставке в обмен на гарантии безопасности. В тот же день он покинул Киргизию и вылетел в казахстанский город Тараз, а 16 апреля, находясь в Казахстане подписал заявление о своей отставке с поста президента Киргизии. Временное правительство объявило о завершении конфликта.
C 19 апреля Курманбек Бакиев находится в Беларуси, где президент Александр Лукашенко предоставил ему политическое убежище.
21 апреля в Республике Беларусь Курманбек Бакиев в здании исполкома СНГ выступил с заявлением, в котором назвал временное правительство оппозиции «бандой самозванцев» и отказался признать свою ранее объявленную отставку:
«Я не признаю свою отставку. Почему — объясню позже. Девять месяцев тому назад народ Кыргызстана избрал меня президентом, и я присягнул служить ему. Нет силы, которая заставит меня отказаться от моей клятвы. Только смерть остановит меня. Я, Курманбек Бакиев, законно избранный президент Кыргызстана, признанный мировым сообществом.»
23 апреля в Республике Беларусь Бакиев поделился с журналистами своим видением ситуации в Кыргызстане и заявил, что остаётся официальным президентом, поскольку заявление об отставке было им написано под давлением и угрозой жизни его родственников. Бакиев заявил, что юридически остаётся президентом, так как по Конституции Кыргызстана отставка президента должна быть дополнительно утверждена (либо не утверждена) Парламентом, который в настоящее время разогнан лицами, захватившими власть.
27 апреля Временное правительство Киргизии приняло декрет об отрешении от власти президента Курманбека Бакиева и лишении его президентской неприкосновенности.
6 мая Генпрокуратура Киргизии направила в Республику Беларусь запрос об экстрадиции Бакиева. Генеральная прокуратура Республики Беларусь приняла решение отказать в экстрадиции.
8 февраля 2012 года в белорусских СМИ появилась информация о том, что Бакиев получил белорусское гражданство и приобрел недвижимость на окраине Минска.
12 февраля 2013 года в Киргизии признан виновным в преступлении, предусмотренным статьёй «злоупотребление служебным положением», и заочно приговорён к 24 годам колонии усиленного режима.
Личная жизнь
Семья
Со своей женой Татьяной Васильевной, русской по национальности, Бакиев познакомился в Самаре, где он учился. Какое-то время она возглавляла чуйское областное отделение фонда «Мээрим». В одном из интервью Татьяна Бакиева рассказала о том, как отнеслись родители к их отношениям:
«Если скажу, что они обрадовались, это будет неправда. Моя мама мне говорила: «Боже мой, центр России, полуторамиллионный город, кругом одни русские, ну откуда взялся этот киргиз?!» Говорила, пока не увидела Курманбека... Наверное, точно так же думали и родители Курманбека Салиевича, что, мол, эта русская заморочила нашему парню голову… Возможно, и его мать, пока меня не узнала, хотела, чтобы у Курманбека, самого старшего из семи сыновей, жена была киргизкой. Ну а когда мы все познакомились, у нас сложились замечательные отношения. Мои родители вообще были очень добрыми и мягкими людьми. Уже после смерти отца я узнала, что когда молодой мой супруг шёл на занятия в институт, папа тихонько интересовался: «У тебя есть деньги?» – и тайком от меня совал их ему в карман. Отец понимал его, как мужчина мужчину, осознавал, что он в сущности такое же дитя, как и я. И Курманбек Салиевич моего отца обожал.»
От этого брака родились сыновья Марат и Максим Бакиев.
От второй(гражданской) жены Курманбек Бакиев имеет сына 2005 года рождения и дочь 2000 года рождения. 19 апреля 2010 года со второй женой и двумя малолетними детьми выехал за пределы Киргизии — в Беларусь.
Братья Каныбек, Жусуп, Марат и Жаныш Бакиевы занимали ряд государственных постов. Остальные братья — Ахмат и Адыл Бакиевы были заняты в бизнесе.
Курманбек Бакиев владеет киргизским, русским и узбекским языками.
Судебные дела
5 апреля 2014 Курманбек Бакиев был приговорен к 25 годам лишения свободы за организацию покушения на жизнь британского бизнесмена Шона Дэйли. Данный вердикт вынес Первомайский районный суд Бишкека
Награды
Орден Олимпийского Совета Азии (2009).
Орден «Содружество»